Sau khi lên ngôi, ngay lập tức Lưu Tú đã quan tâm chấn chỉnh những vùng mà ông cai quản. Khi vừa hoàn thành việc thống nhất quốc gia, ông lập tức dẹp bỏ việc võ mà sửa việc văn, chủ trương cai trị thiên hạ bằng nhu đạo[52][53].

Nô tỳ

Ông chú trọng tới việc giải phóng cho nô tỳ, tranh thủ sự đồng tình của những người nghèo khổ trong xã hội. Sáu lệnh phóng thích nô tỳ mà ông ban hành gồm có[54]:

Năm 26, ông ra lệnh: nếu chồng muốn bán vợ thì người vợ có quyền trở về nhà bố mẹ.

Năm 30, ông ra lệnh: những người dân bị tội phải thành nô tỳ thời nhà Tân thì nay được trở lại làm dân thường

Năm 31, ông ra lệnh: Những ai trước đây nghèo khổ quá ở Thanh châu, Từ châu, phải tự bán mình làm nô tỳ và làm vợ người khác thì đến đây được tự quyết định thân phận, không ai được ép

Năm 36, ông lại xuống chiếu với những người dân ở vùng Lũng mới tiếp quản (của Quỳ Ngao): ai từng bị bắt làm nô tỳ nay được về làm thứ dân

Năm 37, ra lệnh cho những người dân Thục trước đây dưới quyền Công Tôn Thuật phải bán mình làm nô tỳ hoặc làm vợ người khác thì nay được tự ý ra đi, không ai được ép.

Năm 38, ông xuống lệnh: nô tỳ trong các phủ đệ ở Ích châu và Lương châu nhất loạt được phóng thích làm thứ dân, không phải hoàn trả bất cứ khoản tiền nào.

Ngoài ra, ông còn tuyên bố: Ai ngăn cản việc phóng thích nô tỳ hoặc không chịu phóng thích nô tỳ thì bị tội "bán người" và "cướp người" như thời Tây Hán.

Năm 35, Lưu Tú liên tục ban bố 3 chiếu lệnh liên quan đến nô tỳ khác:

1. Trong trời đất, con người là quý, ai giết nô tỳ thì không được giảm tội
2. Người nào châm đốt nô tỳ thì bị xử tội, nô tỳ bị nạn được trở lại làm thứ dân
3. Người đánh nô tỳ bị thương tàn phế sẽ bị xử tội chết.

Hơn nữa, ông còn chú trọng việc cứu tế cho dân nghèo, nhất là người già cả không nơi nương tựa để tránh việc phải bán mình làm nô tỳ. Đồng thời, ông chú trọng giảm nhẹ thuế đất, cải thiện đời sống nhân dân. Sau một thời gian áp dụng, tình hình xã hội tiến triển, giảm đi rất nhiều nô tỳ so với thời Tây Hán và nhà Tân[55].

Đất đai

Năm 39, ông xuống chiếu lệnh cho các quận, huyện kiểm tra lại số ruộng đất trồng trọt, hộ khẩu và tuổi tác người dân trong nước, gọi là độ điền. Mục đích của việc làm này là hạn chế việc chiếm hữu quá nhiều đất của địa chủ. Ông thúc đẩy xây dựng thuỷ lợi tạo điều kiện cho sản xuất nông nghiệp.

Trên thực tế, việc áp dụng không được hiệu quả như mong muốn của ông. Các quan lại e ngại thế lực của các địa chủ nên không dám truy số ruộng đất mà họ chiếm hữu. Tuy Quang Vũ Đế có trừng phạt một số việc làm sai trái nhưng không thay đổi tình hình được nhiều. Việc này chỉ mang lại sự làm dịu mâu thuẫn về đất đai so với trước và điều đó ít nhiều có tác dụng kích thích nông dân tham gia sản xuất, hồi phục kinh tế đất nước.

Chính sách thuế

Một khó khăn cho nhà nước Đông Hán non trẻ là việc tái thiết lại nền kinh tế sau những năm nội chiến và thiên tai hoành hành ở vùng Hoàng Hà dưới thời Vương Mãng. Quang Vũ Đế đã thi hành nhiều chính sách tích cực như giảm thuế từ 1/10 sản lượng xuống 1/30 sản lượng như thời Hán Văn Đế và Hán Cảnh Đế, phục viên binh lính để tăng thêm nhân lực cho khu vực sản xuất nông nghiệp, xây dựng các công trình thủy lợi, không tăng thêm số lính ở vùng biên cương,... nhờ vậy tình hình xã hội tương đối ổn định. Những nông dân tản cư được đưa về quê cũ. Các quan liêu phú hào có nhiều ruộng đất không khai báo trung thực về số đất đai và nhân khẩu sở hữu để trốn thuế.

Nhằm kiểm soát dân số và hạn chế quyền lực của quan lại địa phương, Quang Vũ Đế thi hành chính sách lộ điền, những người sở hữu nhiều ruộng đất không được phép mua bán ruộng và xây dựng lực lượng vũ trang riêng. Năm 39, Quang Vũ Đế xuống chiếu cho các địa phương phải đăng ký lại số ruộng và hộ khẩu thực tế, khi phát hiện ra sự việc gian trá, hơn 10 quan viên cao cấp phạm tội đã bị xử tử. Tuy nhiên do không thực thi triệt để nên về sau tình trạng này vẫn tái diễn. Đến năm 57 khi Quang Vũ Đế qua đời, mới chỉ có 21 triệu người đóng thuế.

Quang Vũ đế phát triển kinh tế bằng cách giảm thuế, nhiều đến mức tối đa mà ông cho là có thể: ở mức 10 hay 13% sản lượng hay lợi nhuận.

Bộ máy quan lại và pháp luật

Mặt tích cực

Năm 26, Lưu Tú ra lệnh cải cách toàn diện chính sách cũ của Vương Mãng, chỉnh đốn quan lại, thành lập Thượng thư đài gồm 6 người phụ trách đại sự quốc gia để làm suy yếu hơn nữa quyền hạn của tam công, tức Thái úy, Tư đồ và Tư không. Thượng thư đài gồm các nho sĩ giúp việc tập trung nhiều quyền lực. Tam công, khanh tướng, đại phu, hiệu úy muốn làm việc gì phải có lệnh của Thượng thư đài. Các quan muốn đi lại bằng xe, muốn có quân sĩ đều do Thượng thư đài điều động.

Hoàng đế có ba phụ tá gọi là Tam công, tức: Tư đồ, Tư không và Tư mã. Tư đồ chuyên quản lý về hành chính, có địa vị lớn nhất rồi đến Tư không chuyên phụ trách việc giám sát, đến Tư mã là tối cao trong việc quản lý việc quân sự. Trên thực tế, Tư mã coi toàn bộ quân đội, thường lấn áp hai vị tư kia. Trong thời Quang Vũ Đế, Tư đồ là Đậu Dung, Tư không là Tống Hoằng còn Tư mã là Đặng Vũ, sau đó là Ngô Hán.

Lưu Tú đề xướng việc "tiết kiệm, giảm quan, bớt chức", bãi bỏ quân vũ trang địa phương cho về quê làm ruộng. Ông còn giảm bớt chức quận đô uý, tăng trách nhiệm cho thái thú. Ông thu gọn bộ máy chính quyền từ huyện, ấp, đạo, chỉ giữ lại 1/4 trong số đó. Vì vậy số quan lại hưởng lương chỉ bằng 1/10 thời Tây Hán[53]. Binh lính tại các quận, huyện cũng được cho giải tán bớt về quê để bớt khẩu phần ăn theo; các vùng biên ải cũng không tuyển thêm quân. Do bớt quan chức, gánh nặng chi phí cũng giảm, vì vậy thuế đóng góp của nhân dân cũng bớt đi.

Nhà nước phế bỏ quan nô những chủ nô lệ nếu cố chấp không chịu phóng thích nô tỳ sẽ bị trừng trị theo luật mại nhân pháp và lược nhân pháp của Tây Hán, ban bố 3 sắc lệnh quy định trong thiên hạ người là quý nhất giết nô tỳ phải chịu tội chết, người tra tấn nô tỳ sẽ bị xử phạt theo pháp luật, miễn cho người đang bị tội chết làm thứ dân; sáp nhập huyện để bớt quan lại, hệ thống quan lại hành chính cũng được tổ chức lại, chỉ có những ai đã học thái học (trường quốc học) mới được bổ nhiệm làm quan, bộ máy chính quyền thu gọn lại 1/4, số quan lại lương chỉ bằng 1/10 của Tây Hán. Quang Vũ Đế phái người đi thanh tra đất đai.

Để duy trì chính sách "cùng nghỉ với dân", ông chú trọng tới việc thu hút và đào tạo nhân tài. Theo quan điểm của Lưu Tú, trị quân khác trị quốc, việc chỉ huy binh mã không thể thay thế được những yêu cầu về học vấn. Do đó khi chiến tranh dẹp các vùng cát cứ chưa chấm dứt, ông đã bắt tay xây dựng trường học để đào tạo thế hệ quan lại mới, phù hợp với mục đích phục vụ cho thời bình.

Lưu Tú cho rằng hình phạt trước đây quá nặng, rất nhiều người bị oan. Ông ra lệnh xem xét giảm nhẹ hình phạt và nhiều lần tuyên bố đại xá. Những phạm nhân, trừ người mắc tội tử hình, ông đều cho miễn giảm và làm thứ dân[56]. Do Lưu Tú luôn chú ý tới pháp luật trong nước, quan lại thời ông trị vì được đánh giá là tương đối trong sạch[57].

Hạn chế

Tuy nhiên, việc tiết kiệm chi phí trong bộ máy quan chế của ông cũng có hạn chế. Do ông đề ra chính sách tiết kiệm công tác phí của các Thứ sử, khiến họ không cần đi tới các địa phương giám sát tình hình cụ thể và không cần báo cáo quá nhiều, các thứ sử chỉ ngồi suông ở công đường. Họ bị mất thân phận quan lại trung ương, không còn tiếp tục là tai mắt của triều đình. Vì thế các địa phương dần dần nảy sinh tình trạng lấn quyền triều đình trung ương. Các sử gia cho rằng điều đó từng bước phá hoại chế độ tập quyền và thống nhất của nhà Hán[58].

Chính sách với công thần và chế độ phân phong

Ông tái lập lại chế độ phong vương cho con cháu (vương quốc) và phong hầu cho công thần (hầu quốc) và chia lại đất đai cho nông dân và các quý tộc. Tầng lớp thượng lưu được ban cấp nhiều ruộng đất. Chính sách này về sau được Triệu Khuông Dẫn, hoàng đế khai quốc nhà Bắc Tống áp dụng.

Quang Vũ đế hạ chiếu phong cho công thần, người có công lớn được phong đất tới 4 huyện. Riêng Lý Thông và Cổ Hạ được phong đất tới 6 huyện. Việc phong thần được tiến hành 3 lần vào năm 26, năm 37 và cuối đời Quang Vũ. Số người được phong hầu trong vương thất là 125 người, trong các công thần là 365 người.

Đối với các công thần, Lưu Tú ban thưởng công lao rất hậu nhưng không để họ can thiệp vào việc triều chính, cũng như không để họ có thực lực, thực quyền làm phát sinh tranh chấp quyền lực giữa thiên tử và chư hầu như đầu thời Tây Hán. Với việc thành lập Thượng thư đài, Quang Vũ Đế đã giảm quyền lực của công thần, võ tướng. Các công thần được phong tước hưởng lộc ở các huyện, các quan lại ăn lương từ 600 – 2000 thạch đều do Thượng thư đài xem xét. Lưu Tú cho rằng nếu để các công thần tham gia triều chính, sẽ vừa ảnh hưởng đến chính sách cai trị thiên hạ bằng nhu đạo của ông, vừa ảnh hưởng đến hình luật quốc gia. Vì vậy hầu hết các công thần không được ông giao đảm nhiệm triều chính thời bình. Chỉ có một số ít người thực sự có tài năng để phục vụ thời bình như Đặng Ngu, Lý Thông, Giả Hạ,... được ông tiếp tục giao quyền hành. Quan điểm này của ông khác hẳn với Lưu Bang - từng sát hại hàng loạt công thần khai quốc. Ông cũng luôn nhắc các công thần phải luôn tuân thủ luật pháp, giữ mình như ngày đầu để bảo vệ công danh của mình[59].

Theo quan chế nhà Hán, bên cạnh Hoàng đế có nhiều vị tước vương, công chỉ phong cho con, em Hoàng đế, trường hợp rất hãn hữu lắm mới phong cho người ngoài có đại công như Trần Tự Sơn. Các vương, công này thường làm vua một nước nhỏ. Đôi khi họ về triều giữ một vài chức vụ tối cao, như trường hợp Hoài Nam vương Lưu Quang - giữ chức vụ Tướng quốc đóng vai trò phụ trách an ninh cho Hoàng đế.

Địa giới hành chính

Toàn quốc chia làm 13 châu: Thanh, Từ, U, Ký, Duyện, Dự, Dương, Ung, Ích, Kinh, Giao, Lương, Tinh.

• Ung châu gồm các quận: Hà Nam (Lạc Dương ở quận này), Hà Nội, Hà Đông, Hoằng Nông, Kinh Triệu (Trường An ở quận này), Tả Bình Nghi, Hữu Phù Phong.
• U châu gồm các quận: Hữu Bắc Bình, Quảng Dương - có Kế Thành, tức là thủ phủ của U châu, Trác quận sau bị cắt ra một phần thành quận Phạm Dương, Đại quận[60], Thượng Cốc, Ngư Dương, Liêu Tây, Huyền Đô, Lạc Lãng. Liêu Đông thời kỳ này chẳng phải là quận mà là thuộc quốc.
• Ký châu: thủ phủ Ký Châu trước vốn ở Tín Đô (quận An Bình), sau dời về Nghiệp Đô, thuộc Ngụy quận. Ký châu gồm các quận: Ngụy quận, Triệu quận, Cam Lăng (còn có tên Thanh Hà), Hà Gian, Bột Hải, Bác Lăng, An Bình, Thường Sơn, Trung Sơn, Cự Lộc.
• Tinh châu gồm các quận: thủ phủ là thành Tấn Dương, quận Thái nguyên. Tinh châu gồm: Thái Nguyên, Thượng Đảng, Nhạn Môn, Định Tương, Vân Trung, Ngũ Nguyên, Sóc Phương, Tây Hà, Thượng quận.
• Lương châu[61] gồm các quận: thủ phủ là Cô Tang quận Vũ Uy. Lương châu gồm: Vũ Uy, Trương Dịch, Tửu Tuyền, Đôn Hoàng, Kim Thành, Lũng Tây, Nam An, Hàm Dương, Thiên Thủy, An Định, Bắc Địa, Vũ Đô.
• Ích châu: thủ phủ là Thành đô thuộc Thục quận. Ích châu gồm các quận: Thục quận, Quảng Hán, sau một phần Quảng Hán thành Tây Khang, Hán Trung, Ba quận[62], Kiện Vi, Việt Huề, Tường Kha, Vĩnh Xương. Quận Kiện Vi phía Bắc và phía Tây giáp sông Dương Tử ngăn quận Kiện Vi với quận Ba.
• Thanh châu: thủ phủ đổi từ Lâm Tri, qua Bắc Hải, rồi Quảng Cố. Thanh châu gồm: Tề quận, Bắc Hải, Bình Nguyên, Lạc An, Tế Nam, Đông Lai.
• Duyện châu thủ phủ vốn ở Trần Lưu, sau đổi qua Bộc Dương; gồm các quận: Đông quận, Trần Lưu, Tế Âm, Sơn Dương, Tuyên Thành, Đông Bình, Tế Bắc, Thái Sơn.
• Từ châu: thủ phủ vốn ở Bành Thành, sau dời qua Hạ Bì. Từ châu gồm: Lang Nha, Đông Hải, Bành Thành, Hạ Bì sau đổi thành Lâm Hoài, Quảng Lăng.
• Dự châu: thủ phủ là Hứa Xương. Dự châu gồm: Lỗ quận, Lương quận, Trần quận, Nhữ Nam, Dĩnh Xuyên, Bái quận.
• Kinh châu: thủ phủ Giang Lăng hoặc Tương Dương, Nam quận. Kinh châu gồm các quận: Nam Dương, Nam quận, Giang Hạ, Vũ Lăng, Trường Sa, Linh Lăng, Quế Dương.
• Dương châu: thủ phủ Thọ Xuân (Cửu Giang), sau đổi về Kiến Nghiệp, rồi Vũ Xương. Dương châu gồm có các quận: Cửu Giang, Lư Giang, Đan Dương, Ngô quận, Cối Kê, Dự Chương. Quận này ngoài các quận bắc sông Dương và vùng Ngô Hội, đất rộng người thưa, chủ yếu là dân thiểu số (Sơn Nhân và Sơn Việt)[63]
• Giao Châu: Thủ phủ Long Biên (Giao Chỉ), sau chuyển về Phiên Ngung. Giao châu gồm các quận: Giao Chỉ, Cửu Chân, Nhật Nam, Hợp Phố, Nam Hải, Thương Ngô, Uất Lâm. Quận Thương Ngô thì phía Bắc giáp quận Kiên Vi, phía Tây giáp quận Tấn Ninh tức là nước Điền cũ, phía Đông Bắc giáp quận Vũ Lăng tức là quận Kiến Trung đời nhà Tấn. Quận Uất Lâm ở vùng đất thuộc Quảng Tây, quận Tường Kha ở phía tây quận Uất Lâm và gồm một phần Quý Châu.

Quân đội

Quang Vũ Đế bổ nhiệm các đô úy chịu trách nhiệm trước triều đình thay thế cho lực lượng quân sự địa phương. Để đền đáp công lao cho các tướng lĩnh, năm 37, Quang Vũ Đế đã phong tước hầu cho nhiều tướng lĩnh công thần khi các cuộc hành quân mở rộng lãnh thổ được thực hiện, ông đã điều chỉnh mối quan hệ với các tướng lĩnh cho phù hợp. Ông có gắng tìm ra cách tốt nhất để bảo vệ tước vị của họ và không tạo ra sự xích mích với họ, kết thông gia với các tướng Lương Nhiễu, Đậu Dung, Mã Viện, Đặng Vũ. Các tướng lĩnh được ban cấp nhiều bổng lộc, các ý kiến của họ thường được hoàng đế lắng nghe, nhưng họ không được nắm giữ vị trí quan trọng trong chính quyền ngoại trừ một số ít những người có tài năng xuất chúng như Đặng Vũ, Lý Thông, Giả Hạ, đây là chính sách thoái công thần nhi tiến văn lại. Chính sách này về sau được Triệu Khuông Dẫn, hoàng đế khai quốc nhà Bắc Tống áp dụng.

Tổ chức quân sự hành chính nhà Đông Hán rất chặt chẽ để phòng ngừa việc đảo chính như Vương Mãng đã làm. Trước hết, Vũ vệ đại tướng quân coi Ngự lâm quân. Ngự lâm quân đời Đông Hán không phải là đội quân canh gác Hoàng thành, mà là một đội quân trù bị toàn quốc. Khi hoàng đế thân chinh đánh nhau, thì mang theo Ngự lâm quân đông tới 20 vạn. Sau đó đến các chức hiệu úy chỉ huy đội thị vệ hay gọi là cấm quân gồm những vệ sĩ trong cung. Mỗi cung có một hiệu úy coi thị vệ. Theo quy định thì Thị vệ do nhà vua tuyển. Nhưng các bà Thái hậu, Hoàng hậu, Thứ phi đều tìm cách đưa con em vào đội thị vệ của mình, để sai phái riêng. Không có một chức vụ nào coi tất cả thị vệ. Vì vậy khi một đội thị vệ làm phản, sẽ bị các đội khác dẹp. Dù cả đoàn thị vệ làm phản thì sẽ bị Ngự lâm quân phản ứng. Nếu Ngự lâm quân phản bội, lại vướng phải binh lực của Thái thú Lạc Dương, tổng trấn kinh thành phản ứng. Ngoài ra Hoàng đế còn có chức Điện súy hiệu úy, chỉ huy đội thị vệ cạnh nhà vua để thi hành mệnh lệnh.

Đối ngoại

Hung Nô

Sau khi xưng Đế, Lưu Tú chủ trương dùng chính sách hoà bình với Hung Nô. Đúng lúc đó Hung Nô bị chia cắt thành Nam Bắc, cả Nam Hung Nô và Bắc Hung Nô cùng tới xin hàng.

Sau đó Nam Hung Nô không chống nổi Bắc Hung Nô, xin được dời đến quận Vân Trung. Quang Vũ Đế chấp thuận. Về sau, người Hung Nô lại xin dời về phía nam, vào cư trú tại Tây Hà, Mỹ Tắc[64], cũng được ông đồng ý. Các nhà sử học cho rằng đây chính là "mai phục mầm hoạ cho Ngũ Hồ loạn Hoa về sau"[52].

Khoảng năm 45 Hung Nô bị nhiều nạn hạn hán và một nạn châu chấu, súc vật chết nhiều, dân đói. Nước chia làm hai: bắc sống độc lập, nam lệ thuộc Hán; Quang Vũ mưu mô gây sự bất hòa giữa hai bên. Nhằm cắt đứt liên hệ giữa Bắc và Nam Hung nô nhà Đông Hán cho đặt Độ Liêu tướng quân xây đồn lũy ở các vùng Ngũ Nguyên, Mang Bá (đông nam của Đạt lạp đặc kỳ thuộc Nội Mông).

Tây Vực

Các thủ lĩnh Tây Vực cũng cùng nhau sai sứ vào cống, lại tình nguyện cho con trai vào làm thị vệ để chứng tỏ lòng trung thành, xin được nhà Đông Hán bảo hộ cho Tây Vực.

Tuy nhiên, Quang Vũ Đế lại đóng cửa ải Ngọc Môn, mềm mỏng từ chối đề nghị đó, vì ông không muốn thêm việc cho quốc gia, không muốn tham gia vào cuộc phân tranh của nhiều quốc gia nhỏ phía tây như Hán Vũ Đế và Hán Tuyên Đế từng làm; sợ nhọc sức dân và tốn sức nước[65].